台南地檢署偵辦台南市正副議長賄選案，歷經近三個月調查，議長邱莉莉、副議長林志展涉賄選被提起公訴，國民黨議員並對兩人提起「當選無效」之訴，藍營目標是要重新改選正副議長，風波愈演愈烈。 未起訴前始終說尊重司法的邱莉莉，被起訴後改口指起訴書內容多為「檢察官自我想像，刻意營造犯意連結」，指自己要勝選，勢必要尋求他人合作，但不一定要有所謂的承諾關係，全案是因受社會關注，南檢有壓力才起訴。
連宋在總統大選後提起的陳呂「當選無效」之訴，經過史無前例的司法大驗票等7個多月審理，2004年11月4日台灣高等法院一審判決連宋敗訴。連宋表示將上訴到底。
