行政院長陳建仁因中研院借調引發爭議，國民黨立委李德維向中研院索取資料，發現這類不受年齡限制的特聘研究員，自制度上路以來，只聘用六人，李遠哲、翁啟惠都是中研院長退休，陳建仁是副總統卸任；因為拔管案下台，遭監院彈劾的教育部長吳茂昆，赫然在列。李德維批評，這個制度已然成為有學術背景的退休官員退輔會，失去制度建立的初衷；吳茂昆聘任，更是中研院的學術淪喪。
「拔管」要角、教育部前部長吳茂昆遭檢舉在擔任東華大學校長4年任內，濫報公假563天，領了超過60萬元差旅費，而且還是自己核定。監察院106年8月提案糾正教育部和東華大學，認定其中106天的差旅費是不法領取。不過事隔3年，教育部僅追回溢領的差旅費，其餘定調「三不」，「不追回薪資、不行政處分、不送法辦」。當年檢舉吳茂昆的白政民認為，教育部這是在包庇吳茂昆。
教育部前部長吳茂昆涉及的多宗司法案件中，最受矚目的，莫過於吳茂昆與其學生私下成立公司，在未獲授權下將屬於東華大學的專利向大陸、美國提出專利申請，甚至生產產品上市。雖然司法進度停滯不前，但吳茂昆除曾因此案遭監察院彈劾，東華大學也向該公司侵權行為求償、繳回當時由校方支付的款項，所有在國外申請的專利也回歸東華大學，吳茂昆等人可說「賠了夫人又折兵」。
